Указом Президента Российской Федерации от 25 ноября 1994 года № 2116 председателем суда назначен Владимир Павлович Литвинский.
Вся координация работы по изучению новелл законодательства на рубеже веков легла на руководство суда – В.П. Литвинского (помимо общего руководства судом он руководил работой президиума) и его заместителей: Тамару Петровну Индинок – была председателем судебной коллегии по уголовным делам по 1-й инстанции с 25 апреля 1984 года по 2006 год, Владимира Ивановича Михайленко (первый заместитель председателя, руководил работой судебной коллегии по уголовным делам по 2-й инстанции и рассмотрением жалоб в порядке надзора с 1994 по 2006), Веру Алексеевну Кузнецову – возглавляла судебную коллегию по гражданским делам с 1994 по 2003).
В состав судебной коллегии по уголовным делам входило уже 49 судей (ранее их было 25): 24 рассматривали дела по 1-й инстанции, 25 – по 2-й инстанции..
Перемены в экономической и социальной жизни вызвали на рубеже веков изменение и в структуре преступности. Объекты преступлений остались те же — жизнь, здоровье, имущество, конкретные предметы, на которые направлено преступное деяние. Мотивация, цели стали иными: их дало новое время. Теперь нередко судьям приходилось рассматривать дела о «заказных» убийствах, в том числе – с целью устранения конкурентов в бизнесе, в управлении; об умышленных убийствах, совершенных группой несовершеннолетних; о групповом взяточничестве; о банде, преступном сообществе и других, которых раньше просто не было. Служебная нагрузка выросла существенно, так количество рассмотрения дел в одном судебном заседании в кассационной (2-й) инстанции увеличилось в 2,5 раза.
Увеличение нагрузки было связано и с тем, что в связи с изменением законодательства осужденные стали доставляться на заседание кассационной инстанции. Так, в 2001 году в областной суд для участия в кассационном рассмотрении дел доставлено из следственных изоляторов 1988 осужденных (36% от общего числа лиц), приговоры в отношении которых рассмотрены в кассационном порядке.
В 2002 администрацией областного суда был решен вопрос о введении в действие телекоммуникации, и осужденные последние 20 лет не доставляются в кассационную (сейчас апелляционную) инстанцию, а находятся в следственном изоляторе и участвуют в рассмотрении дела посредством видеоконференц-связи. В этом наш суд тоже был одним из первых в России, в целом по стране такая практика получила распространение только 5-7 лет спустя.
Увеличилось и поступление в областной суд объемных и многотомных уголовных дел, очень сложных по категории, на рассмотрение которых приходится затрачивать порой месяцы, а то и годы. Рубеж веков был только началом по работе с «многотомниками», пик поступления таких дел в областной суд придется на начало 2010-х годов.
В это же время произошло и увеличение поступления гражданских дел, что также было обусловлено новеллами законодательства и ростом правосознания граждан.
Конституцией РФ (п. 2 ст. 4) предусмотрено принятие органами госвласти в пределах своей компетенции нормативных правовых актов, а их рассмотрение отнесено к подсудности областных судов.
По инициативе Президента РФ Федеральным Собранием России был принят Федеральный закон «О внесении изменений и дополнений в ФЗ “Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации”» № 106—ФЗ от 29 июля 2000 г., которым была впервые установлена ответственность законодательных (представительных) органов субъектов РФ и высших должностных лиц за неисполнение решений судов по приведению нормативных актов субъекта РФ в соответствие с федеральным законодательством, а Министерству юстиции РФ и Генеральной прокуратуре РФ было предложено произвести проверку соответствия нормативных актов субъектов РФ действующим федеральным законам.
Указанные обстоятельства привели к тому, что в Новосибирский областной суд в качестве I-й инстанции стали поступать заявления об оспаривании нормативных правовых актов Новосибирской области, в течение 2001-2002 годов их число выросло вдвое.
Также рассматривалось большое количество дел об усыновлении (удочерении) на территории РФ иностранными гражданами детей, являющихся гражданами Российской Федерации; дела по разрешению исполнения на территории Российской Федерации решений судов иностранных государств; дела, связанные с государственной тайной; дела по разрешению коллективных трудовых споров; дела об оспаривании решений и действий (бездействия) окружных избирательных комиссий, избирательной комиссии Новосибирской области по выборам депутатов Государственной Думы Федерального собрания Российской Федерации, депутатов Новосибирского областного Совета, Президента Российской Федерации, Главы администрации Новосибирской области.
Если до этого периода в гражданской коллеги работало в разные годы 6-8 судей, то к началу 2000-х их было уже 17: 2 работали на 1-и инстанции, 13 – в кассации, 2 рассматривали жалобы в порядке надзора.
Динамичные и кардинальные изменения действующего законодательства и принятие новых кодифицированных актов требовали от судей областного суда постоянного самообучения и самосовершенствования, при этом без отрыва от основной своей деятельности.
При таких обстоятельствах, возникла объективная потребность в увеличении численности государственных гражданских служащих, непосредственно обеспечивающих деятельность по отправлению правосудия.На рубеже веков в штатном расписании областного суда появилась новая должность – помощник судьи.
В силу своих должностных обязанностей помощники судей выполняют большой объем организационно-правовой, информационной, документационной и иной работы, направленной на обеспечение процессуальной деятельности судьи.
К 2007 году численность помощников судей с имеющихся в начале 2000 годов 16 единиц увеличилась до 58. В штатном расписании Новосибирского областного суда на 2011 год было предусмотрено 61 должность помощника, в 2012 году – 69, к 2015 году их количество возрастает до 78. В настоящее время в Новосибирском областном суде 77 штатных единиц помощников судей.